Neben klassischen Nahrungsmittelallergien durch IgE-Antikörper, Pseudoallergien oder Kohlenhydratunverträglichkeiten (Milchzucker, Fruchtzucker) kommt vor allem IgG4-vermittelten Unverträglichkeiten wachsende Bedeutung zu. Die Unverträglichkeiten aufgrund von IgG4-Antikörper äussern sich in unspezifischen Symptomen, die erst Stunden oder Tage nach dem Verzehr der verantwortlichen Nahrungsmittel auftreten. Dies können Beschwerden sein wie Blähungen, Verstopfung, Durchfall, Ekzeme, Neurodermitis oder Juckreiz.

Hohe IgG4-Antikörperkonzentrationen im Blut gehen meist mit einer erhöhten Durchlässigkeit der Darmschleimhaut einher. Allergene können so in grösseren Mengen die Darmschleimhaut passieren. Es entstehen gegen Nahrungsmittel gerichtete Antikörper (Sensibilisierung) und häufig in Folge auch Unverträglichkeitsreaktionen. IgG-vermittelte Unverträglichkeiten bestehen nur selten zeitlebens. Sie bilden sich zurück wenn vorübergehend ein konsequenter Ausschluss der nicht vertragenen Nahrungsmittel und eine Stabilisierung der Schleimhautverhältnisse erfolgt.